科学规划长江港口岸线资源、防治港口船舶环境污染、整治港口码头水运环境……南京市近年来出台多项举措加强港口治理，保护长江水生态。
据南京市交通运输局介绍，南京市组织修编了《南京港总体规划》，把原规划中与水源、生活等有冲突的货运码头岸线，全部调整为水源保护或者生活岸线；严格港口岸线许可管理，严禁新增危化品码头；强化岸线资源集约利用，规划港口岸线56公里，较原规划减少47.4%。
长江南京段沿江岸线共有港口经营企业70多家，其中危货作业企业20多家，长江船舶流量每日约1800-2000艘次，在港船舶每日约300-400艘次。为防治长江水污染，南京市已对75%的码头泊位完成水污染防治设施建设，并实现污水收集处理。同时，完成381艘400总吨以上内河船舶的生活污水防污设施改造，全部安装生活污水贮存或处理装置。
此外，在污染防治方面，陕西定点监测26个秦岭大峪口，跟进监测16条渭河支流入渭口，强化秦岭江河源头水生态预防保护和南水北调水源涵养地水污染防治，完善秦岭水资源保护与开发利用规划和秦岭水土保持专项规划。
